东线治污难，难在既要“消存量”，又要“控增量”。 

　　国务院南水北调办环保司副司长徐子恺说，专家论证，东线一期工程通水前，全线COD入河量须削减29.0万吨，削减率82%；氨氮入河量削减2.8万吨，削减率84%。另外，东线工程所经地区，大都处于工业化城镇化加速发展的阶段，有的地方没有入海口，污染物要全部“就地消化”。

　　江苏省融节水、治污、生态环境保护为一体，提出了“严格准入、节水减排、清污分流、应急保障”治污理念。

　　徐州是大运河在江苏省的最后一道关口。徐州市环保局副局长王斌说，针对运河航运污染问题，取消散货码头，市区只保留4家整装码头，减少航运油污污染。

　　创新水环境补偿机制。自2010年起，江苏省在南水北调沿线实施区域补偿，明确重要跨境断面的治污责任，对水质达不到目标要求的断面，由上游政府给予下游政府资金补偿。

　　山东省逐步探索出“治、用、保”系统推进的流域治污体系，2006年在全国率先实施了严于国家标准的地方排放标准，其中COD排放最高严于国标6倍多。

　　创新生态治理。山东在南四湖开始退耕还湿、退渔还湖，种植芦竹、杞柳等湿地作物，目前湿地面积已经达到15万亩。山东省南水北调建管局副局长王安德说：“达标排放的工业废水，经过湿地净化，COD的去除率约为50%，总磷的去除率为60%，最终以Ⅲ类水标准排入南四湖。”